Fast 10.000 jüdische Männer wurden in den Tagen nach dem Novemberpogrom 1938 in das KZ Buchenwald deportiert. Sie kamen unter anderem aus Breslau, Dresden, Frankfurt, Bielefeld, Aachen sowie aus ganz Thüringen. Mit der Reichsbahn wurden sie zum Weimarer Hauptbahnhof transportiert, wo sie von SS-Leuten und Hilfspolizisten durch den Tunneldurchgang getrieben und zusammengeschlagen wurden. Der Überlebende Ernst Cramer erinnert sich: "Scheinbar völlig sinnlos wurden wir wie Vieh zusammengetrieben und an die Wand geprügelt [...] ,Los, Los!' brüllten unsere Peiniger und trieben uns mit ihren Schlagstöcken die Treppen zum Bahnhofsvorplatz hinaus. Dort warteten Lastwagen. Wir wurden hineingepfercht. Wenn sie schon übervoll erschienen, wurden immer neue Menschen hineingeprügelt." Die Misshandlungen fanden in aller Öffentlichkeit statt. Der Weimarer Klaus Engelhardt berichtet: "Es ging damals wie ein Lauffeuer bei uns Kindern die Nachricht um, dass am Bahnhof Juden ,ausgeladen' werden". In den Anfangsjahren kamen die meisten Buchenwald-Häftlinge am Hauptbahnhof an, zuletzt große Transporte aus Polen im Oktober 1939. In der Folgezeit wurde der Güterbahnhof genutzt.

Am Osteingang des Hauptbahnhofs wurde 1998 eine Gedenktafel angebracht, die an die Ankunft der Opfer des antijüdischen Pogroms in Weimar erinnert.